Klub powołany przez grupę inicjatywną na wniosek prof. Mariana Śliwińskiego 28 stycznia 1983 r.
Grupę założycielską stanowili profesorowie:
Prezesem Klubu Kardiochirurgów Polskich został wybrany prof. dr hab.med. Marian Śliwiński i pełnił tę funkcję do 2005 roku. Wówczas nowym Prezesem Klubu wybrano prof. dr hab.med. Bohdana Maruszewskiego. kierownika Kliniki Kardiochirurgii IP Centrum Zdrowia Dziecka w Warszawie. Od roku 2006 działa Krajowy Rejestr Operacji Kardiochirurgicznych (KROK) powołany i funkcjonujący pod nadzorem Klubu Kardiochirurgów Polskich.
Od października 2013 Krajowy Rejestr Operacji Kardiochirurgicznych działa w oparciu o Rozporządzenie Ministra Zdrowia i gromadzi szczegółowe dane dotyczące przebiegu i wczesnych wyników wszystkich operacji kardiochirurgicznych u dorosłych i dzieci w Polsce.
12 lutego 2015 roku Klub Kardiochirurgów Polskich został zarejestrowany w sądzie.
Dalsza działalność Klubu prowadzona jest zgodnie z jego statutem.